Translační nádorová genomika
Vedoucí skupiny: Ondřej Slabý
Uzel Brno
DOMOVSKÉ PRACOVIŠTĚ
Lékařská fakulta MU/CEITEC MU
VÝZKUMNÝ PROGRAM
VP 3 - Biomarkery nádorových nemocí a diagnostika nádorových chorob
VP 5 - Translační onkologie: ověřovací klinické studie typu proof-of-concept
Objevováním genetických cest až k uzdravení!
- Mise: Provádět translační genomický výzkum, jenž rozšiřuje naše poznání a mění životy pacientů s nádorovým onemocněním.
- Vize: Porozumět tomu, jak nádorové genomy řídí kancerogenezi a citlivost k protinádorové léčbě, a využít tyto poznatky ku prospěchu pacientů.
Nekódující RNA (ncRNA) významně rozšířily koncept molekulární patogeneze nádorových onemocnění a prokázaly velký potenciál sloužit jako diagnostické nástroje a terapeutické cíle. V posledních dvou desetiletích bylo prokázáno, že stovky jednotlivých ncRNA různých tříd působí jako nádorové supresory nebo onkogeny u celé řady nádorových onemocnění. Stále nám však chybí syntéza těchto poznatků s využitím přístupů systémové biologie, která by definovala deregulaci ncRNA jako nový charakteristický znak rakoviny. Na tuto mezeru se zaměřuje výzkum naší skupiny. Také úspěšné aplikace ncRNA jako nových diagnostických nebo terapeutických cílů jsou stále omezené. V návaznosti na naši předchozí práci se zabýváme výzkumem inovativních diagnostik založených na ncRNA a spolupracujeme s průmyslem na vývoji certifikovaných diagnostik pro klinickou praxi. Studujeme také nové ncRNA jako potenciální terapeutické cíle a snažíme se je charakterizovat in vitro a in vivo spolu s inovativními systémy doručení do nádorové tkáně pro potenciální budoucí testování v nekomerčních klinických studiích fáze I/II.
VYBRANÉ PUBLIKACE
- Vychytilova-Faltejskova P, Merhautova J, Machackova T, Gutierrez-Garcia I, Garcia-Solano J, Radova L, Brchnelova D, Slaba K, Svoboda M, Halamkova J, Demlova R, Kiss I, Vyzula R, Conesa-Zamora P, Slaby O. MiR-215-5p is a tumor suppressor in colorectal cancer targeting EGFR ligand epiregulin and its transcriptional inducer HOXB9. Oncogenesis. 2017;6(11):399. DOI: 10.1038/s41389-017-0006-6
- Chen B, Dragomir MP, Fabris L, Bayraktar R, Knutsen E, Liu X, Tang C, Li Y, Shimura T, Ivkovic TC, De Los Santos MC, Anfossi S, Shimizu M, Shah MY, Ling H, Shen P, Multani AS, Pardini B, Burks JK, Katayama H, Reineke LC, Huo L, Syed M, Song S, Ferracin M, Oki E, Fromm B, Ivan C, Bhuvaneshwar K, Gusev Y, Mimori K, Menter D, Sen S, Matsuyama T, Uetake H, Vasilescu C, Kopetz S, Parker-Thornburg J, Taguchi A, Hanash SM, Girnita L, Slaby O, Goel A, Varani G, Gagea M, Li C, Ajani JA, Calin GA. The Long Noncoding RNA CCAT2 Induces Chromosomal Instability Through BOP1-AURKB Signaling. Gastroenterology. 2020;159(6):2146-2162.e33. DOI: 10.1053/j.gastro.2020.08.018
- Liu I, Jiang L, Samuelsson ER, Marco Salas S, Beck A, Hack OA, Jeong D, Shaw ML, Englinger B, LaBelle J, Mire HM, Madlener S, Mayr L, Quezada MA, Trissal M, Panditharatna E, Ernst KJ, Vogelzang J, Gatesman TA, Halbert ME, Palova H, Pokorna P, Sterba J, Slaby O, Geyeregger R, Diaz A, Findlay IJ, Dun MD, Resnick A, Suvà ML, Jones DTW, Agnihotri S, Svedlund J, Koschmann C, Haberler C, Czech T, Slavc I, Cotter JA, Ligon KL, Alexandrescu S, Yung WKA, Arrillaga-Romany I, Gojo J, Monje M, Nilsson M, Filbin MG. The landscape of tumor cell states and spatial organization in H3-K27M mutant diffuse midline glioma across age and location. Nat Genet. 2022;54(12):1881-1894. DOI: 10.1038/s41588-022-01236-3
- Palova H, Das A, Pokorna P, Bajciova V, Pavelka Z, Jezova M, Pal K, Dimayacyac JR, Negm L, Stengs L, Bianchi V, Vejmelkova K, Noskova K, Jarosova M, Mejstrikova S, Mudry P, Kyr M, Merta T, Tinka P, Drabova K, Aulicka S, Jugas R, Tabori U, Slaby O, Sterba J. Precision immuno-oncology approach for four malignant tumors in siblings with constitutional mismatch repair deficiency syndrome. NPJ Precis Oncol. 2024;8(1):110. DOI: 10.1038/s41698-024-00597-8
- Pokorna P, Palova H, Adamcova S, Jugas R, Al Tukmachi D, Kyr M, Knoflickova D, Kozelkova K, Bystry V, Mejstrikova S, Merta T, Trachtova K, Podlipna E, Mudry P, Pavelka Z, Bajciova V, Tinka P, Jarosova M, Ivkovic TC, Madlener S, Pal K, Stepien N, Mayr L, Tichy B, Drabova K, Jezova M, Kozakova S, Vanackova J, Radova L, Steininger K, Haberler C, Gojo J, Sterba J, Slaby O. Real-world performance of integrative clinical genomics in pediatric precision oncology. Lab Invest. 2024:102161. DOI: 10.1016/j.labinv.2024.102161
SPOLUPRÁCE V NÚVR
SPECIALIZOVANÁ EXPERTIZA A TECHNOLOGIE
Nádorová genomika (celogenomové, celoexomové sekvenování, RNA sekvenování, sekvenování krátkých RNA)
Funkční genomika a genomové modifikace (CRISPR/Cas9)
Zpracovaní náročného biologického materiálu pro účely genomických analýz (tekutá biopsie, FFPE tkáňové vzorky)