Nádorová proteomika
Vedoucí skupiny: Pavel Bouchal
Uzel Brno
DOMOVSKÉ PRACOVIŠTĚ
Přírodovědecká fakulta MU
VÝZKUMNÝ PROGRAM
VP 2 - Výzkum a vývoj protinádorových léčiv a terapeutických postupů
VP 3 - Biomarkery nádorových nemocí a diagnostika nádorových chorob
Proteiny (a nikoliv geny) jsou skutečnými molekulárními efektory v nádorové buňce.
- Mise: Identifikovat a charakterizovat proteiny a molekulární dráhy související s nádorovou progresí a metastazováním.
- Vize: Velmi dobře charakterizované prometastatické proteiny mohou být relevantními diagnostickými a/nebo terapeutickými cíli u solidních nádorů.
Solidní nádory typicky představují molekulárně heterogenní onemocnění, která se mohou dále profilovat během života pacienta v závislosti na účinnosti léčby. Zatímco současné technologie umožňují rutinní sekvenování DNA, analýzu dědičných a somatických mutací i genové exprese pomocí RNA-Seq, mnohem méně komplexních dat je k dispozici o profilech proteinů jako skutečných efektorů v buňkách. Hlavní příčinou dosud byla technická obtížnost „high-throughput“ proteinového profilování a zejména pak absence vhodných metod poskytujících kompletní datové matice nezbytné pro klasifikaci nádorů. Proteomika nové generace založená na hmotnostní spektrometrii s datově nezávislým sběrem dat představuje nástroj, u kterého jsme jako jedni z prvních prokázali využitelnost pro klasifikaci solidních nádorů (Bouchal & Aebersold, Cell Reports 2019).
VYBRANÉ PUBLIKACE
- Bouchal P, Schubert OT, Faktor J, Capkova L, Imrichova H, Zoufalova K, Paralova V, Hrstka R, Liu Y, Ebhardt HA, Budinska E, Nenutil R, Aebersold R. Breast Cancer Classification Based on Proteotypes Obtained by SWATH Mass Spectrometry. Cell Rep. 2019 Jul 16;28(3):832-843.e7. DOI: 10.1016/j.celrep.2019.06.046
- Bouchal P, Dvořáková M, Roumeliotis T, Bortlíček Z, Ihnatová I, Procházková I, Ho JT, Maryáš J, Imrichová H, Budinská E, Vyzula R, Garbis SD, Vojtěšek B, Nenutil R. Combined Proteomics and Transcriptomics Identifies Carboxypeptidase B1 and Nuclear Factor κB (NF-κB) Associated Proteins as Putative Biomarkers of Metastasis in Low Grade Breast Cancer. Mol Cell Proteomics. 2015 Jul;14(7):1814-30. DOI: 10.1074/mcp.M114.041335
- Janacova L, Faktor J, Capkova L, Paralova V, Pospisilova A, Podhorec J, Ebhardt HA, Hrstka R, Nenutil R, Aebersold R, Bouchal P. SWATH-MS Analysis of FFPE Tissues Identifies Stathmin as a Potential Marker of Endometrial Cancer in Patients Exposed to Tamoxifen. J Proteome Res. 2020 Jul 2;19(7):2617-2630. DOI: 10.1021/acs.jproteome.0c00064
- Bouchalova P, Sommerova L, Potesil D, Martisova A, Lapcik P, Koci V, Scherl A, Vonka P, Planas-Iglesias J, Chevet E, Bouchal P, Hrstka R. Characterization of the AGR2 Interactome Uncovers New Players of Protein Disulfide Isomerase Network in Cancer Cells. Mol Cell Proteomics. 2022 Feb;21(2):100188. DOI: 10.1016/j.mcpro.2021.100188
- Lapcik P, Stacey RG, Potesil D, Kulhanek P, Foster LJ, Bouchal P. Global Interactome Mapping Reveals Pro-tumorigenic Interactions of NF-κB in Breast Cancer. Mol Cell Proteomics. 2024 Apr;23(4):100744. DOI: 10.1016/j.mcpro.2024.100744
SPOLUPRÁCE V NÚVR
Petr Beneš
(uzel Brno, Přírodovědecká fakulta MU)
Petr Müller
(uzel Brno, Masarykův onkologický ústav)
Roman Hrstka
(uzel Brno, Masarykův onkologický ústav)
SPECIALIZOVANÁ EXPERTIZA A TECHNOLOGIE
Proteomika solidních nádorů
Validace na buněčných 2D a 3D modelech, funkční proteomika
High-throughput screening protein-proteinových interakcí
Integrace proteomických, RNA-Seq, genomických a klinických dat