Michal Kolář

Laboratoř genomiky a bioinformatiky

Vedoucí skupiny: Michal Kolář
Uzel Praha

michal.kolar@img.cas.cz
webové stránky pracoviště

DOMOVSKÉ PRACOVIŠTĚ

Ústav molekulární genetiky AV ČR

VÝZKUMNÝ PROGRAM

VP 3 - Biomarkery nádorových nemocí a diagnostika nádorových chorob

Zlovolné zprávy neprojdou!

ZAMĚŘENÍ A CÍLE VÝZKUMU
VYBRANÉ PUBLIKACE
EXPERTIZA A TECHNOLOGIE
SPOLUPRÁCE V NÚVR
ZAPOJENÍ DO INFRASTRUKTUR
  • Mise: Popsat mezibuněčnou komunikaci v nádorovém mikroprostředí a její dopad na progresi rakoviny. Zaměření zejména na komunikaci rakovinných buněk a nádorově asociovaných fibroblastů.
  • Vize: Modulovat tuto komunikaci tak, aby se zastavila proliferace rakovinných buněk.

Naše laboratoř se zaměřuje na pokročilé aplikace genomiky, transkriptomiky a bioinformatiky, což jsou dnes nejdynamičtěji se rozvíjející disciplíny v oblasti biologických věd. V našem výzkumu využíváme transkriptomické a epigenomické analýzy jak na úrovni tkání, tak na úrovni jednotlivých buněk a provozujeme laboratoř prostorově rozlišené transkriptomiky. K analýze dat generovaných v naší laboratoři nebo dostupných ve veřejných databázích vyvíjíme bioinformatické nástroje.

Více
VYBRANÉ PUBLIKACE
  • Kubovčiak J, Kolář M, Novotnný J: Scdrake: a reproducible and scalable pipeline for scRNA-seq data analysis. Bioinform Adv 2023 3(1): vbad089. DOI: 10.1093/bioadv/vbad089
  • Taborska P, Lukac P, Stakheev D, Rajsiglova L, Kalkusova K, Strnadova K, Lacina L, Dvorankova B, Novotny J, Kolar M, Vrana M, Cechova H, Ransdorfova S, Valerianova M, Smetana K, Vannucci L, Smrz D: Novel PD-L1- and collagen-expressing patient-derived cell line of undifferentiated pleomorphic sarcoma (JBT19) as a model for cancer immunotherapy. Sci Rep 2023 13(1): 19079. DOI: 10.1038/s41598-023-46305-7
  • Rasl J, Grušanovic J, Klímová Z, Čáslavský J, Groušl T, Novotný J, Kolář M, Vomastek T: ERK2 signaling regulates cell-cell adhesion of epithelial cells and enhances growth factor-induced cell scattering. Cell Signal 2022 99: 110431. DOI: 10.1016/j.cellsig.2022.110431
  • Strnadová K, Pfeiferová L, Přikryl P, Dvořánková B, Vlčák E, Frýdlová J, Vokurka M, Novotný J, Šáchová J, Hradilová M, Brábek J, Šmigová J, Rösel D, Smetana K Jr, Kolář M, Lacina L. Exosomes produced by melanoma cells significantly influence the biological properties of normal and cancer-associated fibroblasts. Histochem Cell Biol. 2022 Feb;157(2):153-172. DOI: 10.1007/s00418-021-02052-2
  • Novotný J, Strnadová K, Dvořánková B, Kocourková Š, Jakša R, Dundr P, Pačes V, Smetana K Jr, Kolář M, Lacina L. Single-Cell RNA Sequencing Unravels Heterogeneity of the Stromal Niche in Cutaneous Melanoma Heterogeneous Spheroids. Cancers (Basel). 2020 Nov 10;12(11):3324. DOI: 10.3390/cancers12113324
SPOLUPRÁCE V NÚVR

Meritxell Alberich Jordà
(uzel Praha, Ústav molekulární genetiky AV ČR)

Aleksi Šedo
(uzel Praha, 1. lékařská fakulta UK)

Karel Smetana
(uzel Praha, 1. lékařská fakulta UK)

Helena Kupcová Skalníková
(uzel Praha, 1. lékařská fakulta UK)

Libor Macůrek
(uzel Praha, Ústav molekulární genetiky AV ČR)

Martin Gregor
(uzel Praha, Ústav molekulární genetiky AV ČR)

Martin Sztacho
(uzel Praha, 1. lékařská fakulta UK)

Pavel Klener
(uzel Praha, 1. lékařská fakulta UK)

Vladimír Kořínek
(uzel Praha, Ústav molekulární genetiky AV ČR)

SPECIALIZOVANÁ EXPERTIZA A TECHNOLOGIE

Sekvenování NGS, krátká i dlouhá čtení

Transkriptomika jednotlivých buněk, prostorově-rozlišená transkriptomika

Bioinformatika

ZAPOJENÍ DO INFRASTRUKTUR, SPOLUPRÁCE S VÝZKUMNÝMI CENTRY

Evropská a národní infrastruktura pro biologická data ELIXIR a ELIXIR CZ

Biotechnologické a biomedicínské centrum Akademie věd ČR a Univerzity Karlovy BIOCEV