Laboratoř genomiky a bioinformatiky
Vedoucí skupiny: Michal Kolář
Uzel Praha
DOMOVSKÉ PRACOVIŠTĚ
Ústav molekulární genetiky AV ČR
VÝZKUMNÝ PROGRAM
VP 3 - Biomarkery nádorových nemocí a diagnostika nádorových chorob
Zlovolné zprávy neprojdou!
- Mise: Popsat mezibuněčnou komunikaci v nádorovém mikroprostředí a její dopad na progresi rakoviny. Zaměření zejména na komunikaci rakovinných buněk a nádorově asociovaných fibroblastů.
- Vize: Modulovat tuto komunikaci tak, aby se zastavila proliferace rakovinných buněk.
Naše laboratoř se zaměřuje na pokročilé aplikace genomiky, transkriptomiky a bioinformatiky, což jsou dnes nejdynamičtěji se rozvíjející disciplíny v oblasti biologických věd. V našem výzkumu využíváme transkriptomické a epigenomické analýzy jak na úrovni tkání, tak na úrovni jednotlivých buněk a provozujeme laboratoř prostorově rozlišené transkriptomiky. K analýze dat generovaných v naší laboratoři nebo dostupných ve veřejných databázích vyvíjíme bioinformatické nástroje.
VYBRANÉ PUBLIKACE
- Kubovčiak J, Kolář M, Novotnný J: Scdrake: a reproducible and scalable pipeline for scRNA-seq data analysis. Bioinform Adv 2023 3(1): vbad089. DOI: 10.1093/bioadv/vbad089
- Taborska P, Lukac P, Stakheev D, Rajsiglova L, Kalkusova K, Strnadova K, Lacina L, Dvorankova B, Novotny J, Kolar M, Vrana M, Cechova H, Ransdorfova S, Valerianova M, Smetana K, Vannucci L, Smrz D: Novel PD-L1- and collagen-expressing patient-derived cell line of undifferentiated pleomorphic sarcoma (JBT19) as a model for cancer immunotherapy. Sci Rep 2023 13(1): 19079. DOI: 10.1038/s41598-023-46305-7
- Rasl J, Grušanovic J, Klímová Z, Čáslavský J, Groušl T, Novotný J, Kolář M, Vomastek T: ERK2 signaling regulates cell-cell adhesion of epithelial cells and enhances growth factor-induced cell scattering. Cell Signal 2022 99: 110431. DOI: 10.1016/j.cellsig.2022.110431
- Strnadová K, Pfeiferová L, Přikryl P, Dvořánková B, Vlčák E, Frýdlová J, Vokurka M, Novotný J, Šáchová J, Hradilová M, Brábek J, Šmigová J, Rösel D, Smetana K Jr, Kolář M, Lacina L. Exosomes produced by melanoma cells significantly influence the biological properties of normal and cancer-associated fibroblasts. Histochem Cell Biol. 2022 Feb;157(2):153-172. DOI: 10.1007/s00418-021-02052-2
- Novotný J, Strnadová K, Dvořánková B, Kocourková Š, Jakša R, Dundr P, Pačes V, Smetana K Jr, Kolář M, Lacina L. Single-Cell RNA Sequencing Unravels Heterogeneity of the Stromal Niche in Cutaneous Melanoma Heterogeneous Spheroids. Cancers (Basel). 2020 Nov 10;12(11):3324. DOI: 10.3390/cancers12113324
SPOLUPRÁCE V NÚVR
SPECIALIZOVANÁ EXPERTIZA A TECHNOLOGIE
Sekvenování NGS, krátká i dlouhá čtení
Transkriptomika jednotlivých buněk, prostorově-rozlišená transkriptomika
Bioinformatika