Laboratoř proteomiky
Vedoucí skupiny: Helena Kupcová Skalníková
Uzel Praha
DOMOVSKÉ PRACOVIŠTĚ
1. lékařská fakulta UK
VÝZKUMNÝ PROGRAM
VP 1 - Molekulární podstata nádorových chorob a molekulární cíle
Můžeme porozumět mezibuněčné komunikaci?
- Mise: Hledat proteiny, které řídí vývoj nádorů.
- Vize: Přispět k porozumění buněčným procesům při nádorovém bujení s významem pro diagnostiku a léčbu nádorových onemocnění.
Hlavními funkčními molekulami v živých organismech jsou proteiny (bílkoviny). Proteiny určují strukturu a funkci buněk a podílí se na přenosu signálů a regulacích buněčných procesů. Laboratoř proteomiky studuje roli vybraných proteinů v růstu nádoru, zejména pak při dělení a diferenciaci buněk. Kromě proteinů uvnitř buněk zkoumáme také mechanismy, které buňky využívají v mezibuněčné komunikaci a ovlivňují jimi nádorové mikroprostředí. Proteiny uvolňované buňkami do okolí, jako jsou např. růstové faktory a cytokiny, ale také extracelulární váčky (např. exozomy) mohou nést signály k přežívání buněk, jejich dělení, a mohou se též podílet na regulaci protinádorové imunitní odpovědi. Máme úzkou vazbu na Ústav živočišné fyziologie a genetiky Akademie věd ČR, kde na prasečím modelu melanomu zkoumáme molekulární mechanismy spontánní regrese (vymizení) melanomu. Výsledky našeho základního výzkumu mohou vést k nalezení potenciálních markerů pro detekci přítomnosti nemoci nebo sledování odpovědi na léčbu.
VYBRANÉ PUBLIKACE
- Ananbeh H, Novak J, Juhas S, Juhasova J, Klempir J, Doleckova K, Rysankova I, Turnovcova K, Hanus J, Hansikova H, Vodicka P, Kupcova Skalnikova H. Huntingtin Co-Isolates with Small Extracellular Vesicles from Blood Plasma of TgHD and KI-HD Pig Models of Huntington’s Disease and Human Blood Plasma. Int J Mol Sci. 2022 May 17;23(10):5598. DOI: 10.3390/ijms23105598
- Červenka J, Tylečková J, Kupcová Skalníková H, Vodičková Kepková K, Poliakh I, Valeková I, Pfeiferová L, Kolář M, Vaškovičová M, Pánková T, Vodička P. Proteomic Characterization of Human Neural Stem Cells and Their Secretome During in vitro Differentiation. Front Cell Neurosci. 2021 Jan 28;14:612560. DOI: 10.3389/fncel.2020.612560
- Horak V, Palanova A, Cizkova J, Miltrova V, Vodicka P, Kupcova Skalnikova H. Melanoma-Bearing Libechov Minipig (MeLiM): The Unique Swine Model of Hereditary Metastatic Melanoma. Genes (Basel). 2019 Nov 9;10(11). pii: E915. DOI: 10.3390/genes10110915
- Bravo-Hernandez M, Tadokoro T, Navarro MR, Platoshyn O, Kobayashi Y, Marsala S, Miyanohara A, Juhas S, Juhasova J, Skalnikova H, Tomori Z, Vanicky I, Studenovska H, Proks V, Chen P, Govea-Perez N, Ditsworth D, Ciacci JD, Gao S, Zhu W, Ahrens ET, Driscoll SP, Glenn TD, McAlonis-Downes M, Da Cruz S, Pfaff SL, Kaspar BK, Cleveland DW, Marsala M. Spinal subpial delivery of AAV9 enables widespread gene silencing and blocks motoneuron degeneration in ALS. Nat Med. 2020 Jan;26(1):118-130. DOI: 10.1038/s41591-019-0674-1
- Kupcova Skalnikova H. Proteomic techniques for characterisation of mesenchymal stem cell secretome. Biochimie. 2013 Dec;95(12):2196-211. DOI: 10.1016/j.biochi.2013.07.015
SPOLUPRÁCE V NÚVR
SPECIALIZOVANÁ EXPERTIZA A TECHNOLOGIE
Pokročilé metody separace, identifikace a kvantifikace proteinů/peptidů pomocí nanoHPLC a hmotnostní spektrometrie s předseparací iontovou mobilitou
Multiplexní imunoanalýzy růstových faktorů, cytokinů, chemokinů a dalších molekul
Izolace a charakterizace extracelulárních váčků
Buněčné kultury, diferenciace nervových kmenových buněk, imunocytochemie, konfokální mikroskopie, funkční in vitro testy
Detekce tumor infiltrujících imunitních buněk, imunohistochemie
Prasečí modely lidských onemocnění (melanom, Huntingtonova nemoc)