Laboratoř biomolekulárního rozpoznávání
Vedoucí skupiny: Bohdan Schneider
Uzel Praha
DOMOVSKÉ PRACOVIŠTĚ
Biotechnologický ústav AV ČR
VÝZKUMNÝ PROGRAM
VP 2 - Výzkum a vývoj protinádorových léčiv a terapeutických postupů
Navržením nových proteinů nalézt nová léčiva.
Návrh, vývoj a testování nových proteinových konstruktů zaměřených na onkologicky relevantní cíle, jako jsou buněčné receptory se zaměřením na roli T, NK a Treg imunitních populací při léčbě onkologických onemocnění.
Při navrhování nových proteinů využíváme nástroje bioinformatiky a metod molekulárního modelování. Experimentální vývoj proteinů se opírá o metody řízené evoluce, zejména ribozomového displeje a kvasinkového displeje. V těchto metodách používáme originální, v laboratoři vyvinuté proteinové skafoldy a jejich eventuální komerční aplikace proto nemůže narážet na patentovou ochranu od cizích subjektů.
V projektu využíváme naše zkušenosti s vývojem a testováním cytokinů, proteinů vrozené imunity. Cílíme jak na tyto signalizační molekuly, tak na jejich buněčné receptory. Soustředíme se na signalizační systémy prozánětlivého interferonu lambda, interleukinu 9 nebo protizánětlivého interleukinu 10.
VYBRANÉ PUBLIKACE
- Huličiak M, Biedermannová L, Berdár D, Herynek Š, Kolářová L, Tomala J, Mikulecký P, Schneider B: Combined in vitro and cell-based selection display method producing specific binders against IL-9 receptor in high yields. FEBS J. 290: 2993-3005 (2023). DOI: 10.1111/febs.16726
- Pham PN, Zahradník J, Kolářová L, Schneider B, Fuertes G: Regulation of IL-24/IL-20R2 complex formation using photocaged tyrosines and UV light. Frontiers in Molecular Biosciences. 10: 1214235 (2023). DOI: 10.3389/fmolb.2023.1214235
- Kolářová L, Zahradník J, Huličiak M, Mikulecký P, Peleg Y, Shemesh M, Schreiber G, Schneider B. De novo developed protein binders mimicking Interferon lambda signaling. FEBS J. 2022 May;289(9):2672-2684. DOI: 10.1111/febs.16300
- Pham PN, Huličiak M, Biedermannová L, Černý J, Charnavets T, Fuertes G, Herynek Š, Kolářová L, Kolenko P, Pavlíček J, Zahradník J, Mikulecky P, Schneider B. Protein Binder (ProBi) as a New Class of Structurally Robust Non-Antibody Protein Scaffold for Directed Evolution. Viruses. 2021 Jan 27;13(2):190. DOI: 10.3390/v13020190
- Zahradník J, Kolářová L, Peleg Y, Kolenko P, Svidenská S, Charnavets T, Unger T, Sussman JL, Schneider B. Flexible regions govern promiscuous binding of IL-24 to receptors IL-20R1 and IL-22R1. FEBS J. 2019 Oct;286(19):3858-3873. DOI: 10.1111/febs.14945
SPOLUPRÁCE V NÚVR
Cyril Bařinka
(uzel Praha, Biotechnologický ústav AV ČR)
SPECIALIZOVANÁ EXPERTIZA A TECHNOLOGIE
Studium specifických interakcí mezi proteiny a mezi proteiny a DNA
Experimentální a výpočetní metody proteinového inženýrství
Metody strukturní biologie, bionformatiky a molekulárního modelování
Soustředíme se tedy na stanovení struktur biomolekul a dynamiku jejich chování. Studujeme specifické interakce mezi proteiny a mezi proteiny a DNA, tedy to, jak se rozpoznávají. V naší práci využíváme experimentálních a výpočetních metod proteinového inženýrství, strukturní biologie, bionformatiky a molekulárního modelování.
ZAPOJENÍ DO INFRASTRUKTUR, SPOLUPRÁCE S VÝZKUMNÝMI CENTRY
Biotechnologické a biomedicínské centrum Akademie věd ČR a Univerzity Karlovy BIOCEV
Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii CIISB
Česká infrastruktura pro biologická data ELIXIR CZ
Evropská infrastruktura pro strukturní biologii Instruct-ERIC