Laboratoř farmakogenomiky
Vedoucí skupiny: Pavel Souček
Uzel Praha
DOMOVSKÉ PRACOVIŠTĚ
Lékařská fakulta UK v Plzni
VÝZKUMNÝ PROGRAM
VP 3 - Biomarkery nádorových nemocí a diagnostika nádorových chorob
Objev = science fiction + čas!
Zabýváme se komplexním výzkumem vlivu molekulárních faktorů na vývoj a progresi nádoru. Jedním z našich cílů je využít charakteristiky nádorového růstu pro definici terapeuticky významných profilů a v konečném důsledku přispět k lepšímu zacílení dostupné onkologické léčby. Sledujeme mechanismy účinku známých protinádorových léčiv na modelových buněčných liniích a hledáme cesty ke zvýšení jejich terapeutického účinku. Studujeme také nové léky, které dosud nebyly zařazeny do klinických studií, a rozvíjíme zvířecí modely nádorového růstu, především pacientské xenoimplantáty. Naším hlavním cílem je tedy přispět k rozvoji konceptu precizní onkologie.
Hlavní cíle:
- Plánujeme integrovat multiomický nádorový profil a zjistit, jakou roli hraje genom přímo, a poté rozeznat další příspěvek epigenomu (methylom a miRNOMe, případně další nekódující typy RNA) v kontextu fenotypu nádorové buňky (transkriptom a proteom, případně metabolom).
- Pokusíme se definovat molekulární profil jak nádorových buněk, tak nádorů jako celku, a v konečném důsledku poskytnout biomarkery s prognostickou i prediktivní hodnotou pro celkovou onkologickou léčbu pacienta, včetně personalizovaného přístupu. Specifickou pozornost budeme věnovat známkám rezistence k onkologické léčbě a jejímu vývoji na cestě od primárního k metastatickému onemocnění.
VYBRANÉ PUBLIKACE
- Holý P, Hlaváč V, Šeborová K, Šůsová S, Tesařová T, Rob L, Hruda M, Bouda J, Bartáková A, Mrhalová M, Kopečková K, Al Obeed Allah M, Špaček J, Sedláková I, Souček P, Václavíková R. Targeted DNA sequencing of high-grade serous ovarian carcinoma reveals association of TP53 mutations with platinum resistance when combined with gene expression. Int J Cancer. 2024. DOI: 10.1002/ijc.34908
- Sychra T, Spalenkova A, Balatka S, Vaclavikova R, Seborova K, Ehrlichova M, Truksa J, Sandoval-Acuña C, Nemcova V, Szabo A, Koci K, Tesarova T, Chen L, Ojima I, Oliverius M, Soucek P. Third-generation taxanes SB-T-121605 and SB-T-121606 are effective in pancreatic ductal adenocarcinoma. iScience. 2024;27(2):109044. DOI: 10.1016/j.isci.2024.109044
- Heczko L, Hlaváč V, Holý P, Dvořák P, Liška V, Vyčítal O, Fiala O, Souček P. Prognostic potential of whole exome sequencing in the clinical management of metachronous colorectal cancer liver metastases. Cancer Cell Int. 2023;23(1):295. DOI: 10.1186/s12935-023-03135-x
- Hlaváč V, Červenková L, Šůsová S, Holý P, Liška V, Vyčítal O, Šorejs O, Fiala O, Daum O, Souček P. Exome Sequencing of Paired Colorectal Carcinomas and Synchronous Liver Metastases for Prognosis and Therapy Prediction. JCO Precis Oncol. 2023;7:e2200557. DOI: 10.1200/PO.22.00557
- Hlaváč V, Holý P, Václavíková R, Rob L, Hruda M, Mrhalová M, Černaj P, Bouda J, Souček P. Whole Exome Sequencing of Epithelial Ovarian Carcinomas Differing in Resistance to Platinum Therapy. Life Sci Alliance. 2022;5(12):e202201551. DOI: 10.26508/lsa.202201551
SPOLUPRÁCE V NÚVR
Jaroslav Truksa
(uzel Praha, Biotechnologický ústav AV ČR)
Kari Hemminki
(uzel Praha, Lékařská fakulta UK v Plzni)
Pavel Bouchal
(uzel Brno, Přírodovědecká fakulta MU)
Pavel Vodička
(uzel Praha, Ústav experimentální medicíny AV ČR)
Tomáš Etrych
(uzel Praha, Ústav makromolekulární chemie AV ČR)
Václav Liška
(uzel Praha, Lékařská fakulta UK v Plzni)
Zdeněk Kleibl
(uzel Praha, 1. lékařská fakulta UK)
SPECIALIZOVANÁ EXPERTIZA A TECHNOLOGIE
Omics (WES, RNASeq, smallRNASeq apod.)
Bioinformatika
Pacientské xenografty
ZAPOJENÍ DO INFRASTRUKTUR, SPOLUPRÁCE S VÝZKUMNÝMI CENTRY
Biomedicínské centrum LF UK v Plzni
Biotechnologické a biomedicínské centrum Akademie věd ČR a Univerzity Karlovy BIOCEV