Nekódující genom
Vedoucí skupiny: Lukáš Trantírek
Uzel Brno
DOMOVSKÉ PRACOVIŠTĚ
CEITEC MU
VÝZKUMNÝ PROGRAM
VP 1 - Molekulární podstata nádorových chorob a molekulární cíle
VP 3 - Biomarkery nádorových nemocí a diagnostika nádorových chorob
Při programované buněčné smrti se uvolňují fragmenty DNA. Uvolněné fragmenty DNA si zachovaly genetický a epigenetický kód původní buňky. Fragmentace uvolněné extracelulární DNA (eDNA) v krevní plazmě odráží tkáňový původ eDNA a mechanismus jejího uvolnění.
eDNA je důležitým diagnostickým, prognostickým nebo prediktivním biomarkerem pro různé typy rakoviny. Hladiny eDNA se snižují v reakci na úspěšnou léčbu, zatímco zůstávají konstantní nebo se zvyšují v situacích, které jsou spojeny s recidivou nádoru nebo zhoršením stavu pacienta. Dosud se však přístupy založené na eDNA zaměřovaly především na analýzu dvouřetězcové DNA (dsDNA). V roce 2021 byly vyvinuty alternativní metody izolace jednovláknové (ss)DNA z krevní plazmy. Pomocí těchto metod byla popsána existence a genomická distribuce ultrakrátké (~50 nt) ssDNA. Údaje naznačily, že na rozdíl od větších fragmentů ds-eDNA pochází ssDNA z regulačních oblastí genomu, které nejsou součástí nukleozomů a které mají potenciál vytvářet nekanonické sekundární struktury DNA. Zároveň data naznačila existenci rozdílu v distribuci průměrné velikosti fragmentů mezi vzorky pacientů s karcinomem prsu a zdravými jedinci u ultrakrátkých ssDNA fragmentů.
VYBRANÉ PUBLIKACE
- Krafčík D, Ištvánková E, Džatko Š, Víšková P, Foldynová-Trantírková S, Trantírek L. Towards Profiling of the G-Quadruplex Targeting Drugs in the Living Human Cells Using NMR Spectroscopy. Int J Mol Sci. 2021 Jun 3;22(11):6042. DOI: 10.3390/ijms22116042
- Gregor T, Bosakova MK, Nita A, Abraham SP, Fafilek B, Cernohorsky NH, Rynes J, Foldynova-Trantirkova S, Zackova D, Mayer J, Trantirek L, Krejci P. Elucidation of protein interactions necessary for the maintenance of the BCR-ABL signaling complex. Cell Mol Life Sci. 2020 Oct;77(19):3885-3903. DOI: 10.1007/s00018-019-03397-7
- Krafcikova M, Dzatko S, Caron C, Granzhan A, Fiala R, Loja T, Teulade-Fichou MP, Fessl T, Hänsel-Hertsch R, Mergny JL, Foldynova-Trantirkova S, Trantirek L. Monitoring DNA-Ligand Interactions in Living Human Cells Using NMR Spectroscopy. J Am Chem Soc. 2019 Aug 28;141(34):13281-13285. DOI: 10.1021/jacs.9b03031
- Dzatko S, Krafcikova M, Hänsel-Hertsch R, Fessl T, Fiala R, Loja T, Krafcik D, Mergny JL, Foldynova-Trantirkova S, Trantirek L. Evaluation of the Stability of DNA i-Motifs in the Nuclei of Living Mammalian Cells. Angew Chem Int Ed Engl. 2018 Feb 19;57(8):2165-2169. DOI: 10.1002/anie.201712284
- Renčiuk D, Ryneš J, Kejnovská I, Foldynová-Trantírková S, Andäng M, Trantírek L, Vorlíčková M. G-quadruplex formation in the Oct4 promoter positively regulates Oct4 expression. Biochim Biophys Acta Gene Regul Mech. 2017 Feb;1860(2):175-183. DOI: 10.1016/j.bbagrm.2016.11.002